Εκτός από τη λειτουργία της Μόνιμης Έκθεσης, το Μουσείο Νίκου Καζαντζάκη υλοποιεί ένα πολύπτυχο πρόγραμμα δραστηριοτήτων, που απευθύνονται σε διαφορετικές κατηγορίες κοινού.

Μεταξύ άλλων, λειτουργεί ερευνητική βιβλιοθήκη, προωθώντας και ενισχύοντας την έρευνα πάνω στο έργο του Καζαντζάκη, υλοποιεί εκπαιδευτικά προγράμματα για σχολικές ομάδων όλων των βαθμίδων εκπαίδευσης, σχεδιάζει και αναπτύσσει εκπαιδευτικές δράσεις για παιδιά, ενήλικες, οικογένειες, εκπαιδευτικούς και εφήβους, πραγματοποιεί έντυπες και ηλεκτρονικές εκδόσεις και οργανώνει ποικίλες εκδηλώσεις, συνέδρια, ημερίδες, φεστιβάλ, συναυλίες και παραστάσεις.